Ærø huser rige bestande af både markfirben, skovfirben og lille og stor vandsalamander.

Hen på sommeren er steder som Vitsø og Voderup nærmest levende af hoppende frøer. I Vitsø dominerer Grøn frø, mens Voderup - og mange andre steder - kan byde på mange Springfrøer, som er relativt sjældne i det øvrige Danmark. Der arbejdes med udsætninger af Klokkefrøer og Strandtudser i det ærøske område. På Birkholm findes Grønbroget tudse i stort tal.

Overraskende mange af de sjældne såkaldte indikator-arter, der siger noget om, hvor god naturen er, findes på Ærø. Ét eksempel er svirrefluearten Gul vedsvirreflue, som i 2019 blevet fundet på øen for første gang.

De senere års grundige undersøgelser af naturen har vist, at øen er langt rigere på eksempelvis vilde bier, snyltehvepse, svirrefluer og andre sjældne insektarter, end man før har antaget.

Springfrøen er på Ærø forholdsvis almindelig - også i haver, når blot der er adgang til lidt vand.